近日，首都医科大学宣武医院张艳团队在感染领域知名学术期刊《Journal of Infection》（《感染杂志》）上发表题为“Evaluation of metagenomic and pathogen-targeted next-generation sequencing for diagnosis of meningitis and encephalitis in adults: A multicenter prospective observational cohort study in China”的研究论文。该多中心、前瞻性观察性队列研究结果提示，对于感染性M/E，脑脊液（CSF）的二代测序（NGS）检测可以在传统微生物检测范围之外提供更多的病原体信息，而且对于常见病原体，病原体靶向NGS（ptNGS）似乎比宏基因组NGS（mNGS）具有更好的检测性能。首都医科大学宣武医院陈卫碧为本文第一作者，张艳和吴英锋主任医师为共同通讯作者。

中枢神经系统（CNS）感染是一种高发病率和高病死率的复杂疾病，早期诊治是决定患者预后的关键，然而颅内病变的病因诊断极具挑战。在临床上，即使病因不同（感染性或非感染性），颅内病变的临床表现可以相似，而传统的诊断技术（包括病原体培养、抗原/抗体测定和PCR测定）虽长期以来一直用于病原体检测，但其检测性能有限，超50%以上的脑炎通常不能检测到病原体。因此，颅内感染的抗感染治疗大多是经验性的，临床上迫切需要一种对致病微生物能够进行早期并高效诊断的检测方法。

二代测序（NGS）进行病原体鉴定是一个新兴技术，但在颅内感染的病原体诊断中，不同类型NGS的应用研究有限。为明确脑脊液（CSF）病原体检测的最佳方法，研究者依托于中国科技部重点研发计划项目发起了一项多中心、前瞻性观察性队列研究，对比分析了病原体靶向NGS（ptNGS）、宏基因组NGS（mNGS）和综合的传统微生物学分析方法对感染性脑膜炎/脑炎（M/E）的诊断效果。研究结果显示，多中心入组的152例临床诊断为疑似M/E患者，CSF标本在传统微生物学分析基础上，同步行ptNGS和mNGS病原体分析。89例确诊感染性M/E患者，分别有57例和39例患者通过ptNGS和mNGS明确了致病微生物检测。经差异分析，ptNGS的总体准确率为65.1%，阳性符合率（PPA）为64%，阴性符合率（NPA）为66.7%；而mNGS总体准确度为47.4%， PPA为43.8%，NPA为52.4%。

在这项研究中，证实了使用CSF的NGS对感染性M/E的诊断效率：（1）CSF的NGS检测能在传统的微生物检测范围之外额外提供病原体信息；（2） 在两种不同的病原体检测技术之间，ptNGS在常见病原体检测方面似乎优于mNGS（总体准确率：65.1%对47.4%）。该研究结果为颅内感染的检测方法的选择提供了依据。

该研究得到国家重点研发计划（2020YFC2005403）项目的支持。